정부가 농협이나 수협 등 단위조합법인에 적용하던 법인세 감면 혜택을 개편키로 하면서 조합들의 강력한 반발이 예상된다.

 기획재정부가 22일 세제발전심의위원회에서 확정한 2020년 세법 개정안에 따르면 올해 말 일몰이 도래하는 조합법인에 대한 과세특례에 대해 대규모 조합법인은 적용을 배제키로 했다. 일정 매출·자산 기준이 넘는 대규모 조합법인은 일반 기업과 같은 법인세율을 적용한다는 얘기다.

 이번 세법 개정안에는 매출액 1,000억원 또는 자산 5,000억원 초과 법인에 대해 과세특례 적용을 아예 배제했다. 매출이 1,000억원 이상인 조합이 일반 법인세율을 적용받을 경우 세금이 최대 12%에서 22%로 껑충 뛰게 되는 것이다. 다행히 수협은 과세표준이 200억원 초과되는 조합이 없어 이 안이 확정된다 해도 최고 세율은 20%를 넘지 않는다. 현재 법인세율은 과세표준 20억원 이하는 9%, 20억원 초과는 12%를 적용하고 있다.
 
현재 일선 수협의 경우 매출이 1,000억원 이상인 조합은 전남 Y수협과 제주 S수협 2군데다. 여기에 자산이 5,000억원 이상인 조합은 25개. 전남 Y수협이 매출과 자산이 중복 적용됨으로서 총 26개 조합이 여기에 해당된다. 이 안이 확정될 경우 이들 조합의 추가 세금은 50억원에 이른다는 게 수협중앙회의 분석이다. 그러니까 과세특례가 종료되는 조합은 평균 1억 9,000만원 가량의 법인세 부담이 가중된다는 얘기다. 이 안 확정 시 가장 많이 세금을 부담해야 하는 조합은 전남 W수협(과세 표준 63억 5,000만원)으로 현재보다 5억원 가량이 많은 12억원의 세금을 내야 한다.

 정부는 그동안 농어촌 등 영세 조합원들의 모임으로 공익적인 가치를 지닌 점을 감안해 일반 민간기업들과 달리 과세특례를 적용해 세제 혜택을 줬다. 과세특례란 농협·수협·신협·새마을금고·산림조합 등 단위조합법인에 일반 법인세율 10~25%보다 낮은 9~12%의 세율을 적용하는 제도다. 그러나 정부는 일몰이 도래하면서 내년부터 과세특례를 배척키로 한 것이다. 조합법인 과세특례가 과세 형평을 저해하는 측면이 있는데다 대규모 조합법인에 대해서는 일반 법인과 동일한 법인세를 과세하는 것이 타당하다는 판단에서다.
이에 대해 수협중앙회는 “수협의 단위 조합은 읍면이 아니라 일선 시군으로 통합해 운영해 왔다”며 “정부의 합병 방침에 따라 조합 수를 줄였는데 이제와서 매출과 자산이 많다고 세제 혜택을 주지 못하겠다는 것은 정책 취지와도 맞지 않는다”고 이의를 제기했다.

 앞으로 농·수·산림조합의 반발이 거셀 것으로 보여 이 안이 그대로 국회를 통과하기는 쉽지 않아 보인다.<문영주>